Le test génétique «prédit 448 maladies infantiles»

Les scientifiques ont créé « un test génétique qui permet aux couples d’être contrôlés pour des maladies héréditaires incurables avant qu’ils ne songent à fonder une famille », a rapporté le Daily Mail.

La recherche derrière cette histoire est une étude génétique qui a combiné des méthodes scientifiques pertinentes pour permettre à l’ADN des parents potentiels d’être examinés pour 448 maladies génétiques graves. Les résultats indiquent un test de dépistage réalisable qui pourrait indiquer le risque que la progéniture d’un couple hérite d’une maladie génétique grave. Cependant, cela a été établi dans un cadre de recherche et il reste du travail à faire. Par exemple, la liste des maladies évaluées doit être affinée, le processus de test doit être automatisé et des méthodes de notification et de conseil appropriées doivent encore être développées. Plus important encore, le test lui-même nécessite des tests dans un environnement réel.

En outre, il y a un certain nombre d’implications éthiques, juridiques et sociales qui devraient être soigneusement et soigneusement examinées avant que ce type de dépistage génétique polyvalent puisse être mis en œuvre. Fondamentalement, tout système dans lequel le test est offert devrait fournir des conseils de soutien pour les couples à côté du test, leur permettant de donner un sens aux résultats et de prendre des décisions éclairées basées sur eux.

D’où vient l’histoire?

L’étude a été réalisée par des chercheurs du Centre national des ressources génomiques de Santa Fe, de l’hôpital Children’s Mercy de Kansas City, de la société de tests génétiques Illumina Inc et de Life Technologies, une société de biotechnologie. L’étude a été publiée dans la revue médicale Science Translational Medicine et a reçu un financement de la Beyond Batten Disease Foundation, des National Institutes of Health des États-Unis, d’Illumina Inc., de Life Technologies et de British Airways PLC.

Les journaux ont bien couvert cette recherche complexe et en ont souligné les implications éthiques importantes, qui nécessiteront d’autres discussions et considérations avant que ces tests ne soient largement acceptés.

De quel type de recherche s’aggissait-t-il?

Les chercheurs disent que bien que les maladies à un seul gène soient individuellement rares, collectivement, elles représentent environ 20% de la mortalité infantile et environ 10% des hospitalisations chez les enfants. Les chercheurs rapportent qu’il y a eu des réductions dans l’incidence de certaines maladies telles que la fibrose kystique et la maladie de Tay-Sachs depuis que le dépistage avant la conception et le conseil génétique ont été offerts aux couples aux États-Unis.

Les chercheurs de cette étude ont mis au point une méthode permettant de dépister chez les couples une gamme de gènes susceptibles de provoquer de graves troubles récessifs chez leurs enfants s’ils devaient concevoir. Les troubles génétiques récessifs se produisent quand une personne porte deux copies défectueuses d’un gène particulier – une héritée de chaque parent. Si une personne ne possède qu’une copie défectueuse d’un gène, elle ne sera pas affectée par une affection récessive, mais sera un «porteur». Si deux porteurs d’un gène défectueux particulier ont un enfant, il y aura:

une chance sur quatre que leur enfant hérite de deux copies du gène récessif et ont donc la condition connexe

une chance sur deux que leur enfant héritera d’un seul gène défectueux et ne sera donc pas affecté, mais un transporteur

une chance sur quatre que leur enfant n’hérite d’aucune copie du gène défectueux et ne soit donc pas affecté

Les chercheurs rapportent que 1 138 des gènes responsables de maladies récessives ont été identifiés, mais que les tests préconceptionnels aux États-Unis ne sont recommandés que pour cinq d’entre eux, y compris la fibrose kystique et la maladie de Tay-Sachs.

Qu’est-ce que la recherche implique?

Les techniques existantes sont déjà utilisées pour détecter les mutations génétiques qui causent un certain nombre de maladies, mais des tests séparés seraient généralement effectués pour chaque maladie individuelle. La réalisation de plusieurs tests de cette manière serait longue et coûteuse.

Dans cette étude, les chercheurs ont étudié s’ils pouvaient développer un processus de dépistage unique pour un grand nombre de mutations qui causent des maladies génétiques chez l’enfant en utilisant des techniques de séquençage du génome d’une manière rentable et évolutive.

Les méthodes de cette recherche sont complexes. Les méthodes particulières qu’ils ont appliquées sont appelées «enrichissement de la cible» et «séquençage de nouvelle génération», processus qui impliquent plusieurs étapes de laboratoire et d’analyse différentes.

La détection des mutations doit être effectuée très attentivement car les résultats sont destinés à être utilisés pour informer les parents potentiels sur la probabilité d’un trouble génétique chez leurs futurs enfants. Tous les tests de mutations doivent être précis et en particulier avoir de faibles taux de «faux positifs», c’est-à-dire qu’il est peu probable de suggérer des problèmes de santé potentiels dans les cas où un tel risque n’existe pas réellement. Les chercheurs ont considéré que les trois points suivants étaient très importants dans le développement d’un test de dépistage pré-conception complet:

Tout test qui en résulte doit être rentable, c’est-à-dire que l’avantage de l’utiliser devrait en valoir le coût. Les chercheurs visaient un test qui coûterait moins de 1 $ US par condition testée.

Un large éventail de couverture était nécessaire, à savoir de nombreuses maladies différentes.

Les maladies qui étaient sévères et qui présentaient de fortes preuves de mutations causant la maladie ont été sélectionnées; les chercheurs ont estimé qu’ils devraient prioriser les conditions pour lesquelles les connaissances antérieures changeraient la façon dont les couples planifiaient leur famille ou les soins prénataux, prénatals ou postnataux. Ils ont identifié les maladies à dépister en examinant la littérature médicale afin d’identifier les conditions importantes correspondant à leurs critères.

Ils ont testé pour les différents groupes de conditions suivantes:

huit conditions cardiaques (coeur)

45 conditions cutanées sévères (de la peau, des cheveux, etc.)

46 problèmes de développement

15 troubles endocriniens

3 conditions gastro-entérologiques

15 troubles hématologiques (sanguins)

3 conditions hépatiques (foie)

29 conditions immunologiques

142 conditions métaboliques

122 conditions neurologiques

12 troubles oculaires

25 conditions rénales

8 troubles respiratoires

28 troubles squelettiques.

Les chercheurs ont pu utiliser des méthodes qui ciblaient et amplifiaient des séquences particulières dans des échantillons d’ADN connus pour être associés aux gènes de la maladie récessive, ainsi que des techniques avancées de séquençage de l’ADN. Ils ont conçu leur test pour «lire» l’ADN plusieurs fois afin d’améliorer la précision dans la détection des mutations. Les chercheurs expliquent également pourquoi ils choisissent des méthodes particulières plutôt que d’autres lorsqu’ils détectent des mutations dans les échantillons.

Les auteurs avaient des échantillons de sang et d’ADN disponibles pour leurs tests de dépistage. Ils ont appliqué et affiné leurs méthodes en utilisant ces échantillons pour s’assurer que leur test était bon marché (moins de 1 USD par maladie) et qu’il pouvait détecter les différents types de mutations qui sont importants dans les maladies récessives. Leur test était capable de marquer l’échantillon d’ADN de chaque personne comme étant soit «hétérozygote» (ayant une copie de la mutation) soit «homozygote» (ayant deux copies de la mutation) pour chacune des 448 mutations.

Les chercheurs ont ensuite signalé la « charge de porteurs » moyenne dans 104 échantillons d’ADN (c’est-à-dire quelle proportion des échantillons portaient des mutations pour l’une quelconque de ces maladies).

Quels ont été les résultats de base?

Les chercheurs disent qu’ils ont été en mesure de développer un test de dépistage rentable, précis et évolutif pour 448 différentes maladies graves de l’enfance.

Ils l’ont utilisé pour étudier le nombre moyen de mutations dans des échantillons d’ADN de 104 personnes, et rapportent qu’environ trois mutations étaient réalisées chez chaque personne. Il ne semble pas y avoir de différences dans ce taux entre les personnes de différents groupes ethniques ou genres. Ils disent que, dans l’ensemble, le test coûte environ 378 $ US pour toutes les maladies, ce qui est inférieur à leur prix cible de 1 $ US par maladie.

Comment les chercheurs ont-ils interprété les résultats?

Les chercheurs sont optimistes quant à leurs résultats, affirmant qu’ils ont décrit une plate-forme technologique pour le dépistage complet des porteurs pré-conception de 448 maladies infantiles récessives. Ils disent que combiner cette technologie avec le conseil génétique pourrait réduire l’incidence des maladies pédiatriques récessives sévères et peut aider à améliorer le diagnostic de ces troubles chez les nouveau-nés.

Conclusion

Il s’agit d’une étude génétique bien menée qui a utilisé des méthodes acceptées dans ce domaine pour concevoir des tests à grande échelle d’échantillons d’ADN afin de dépister de nombreuses mutations connues pour être responsables de maladies héréditaires importantes.

Le test de dépistage à grande échelle développé ici semble être un coût relativement faible, à moins de 400 $ US par test. Cependant, le conseil, la consultation, l’interprétation des résultats et la gestion des bases de données des résultats sont susceptibles d’être des coûts supplémentaires importants si de tels tests sont introduits. Les chercheurs disent qu’il est très probable que leur méthode de test sera adoptée par les cliniques de FIV et les cliniques de génétique médicale, où les tests sont déjà courants et où les systèmes de conseil sont déjà en place.

Bien que cette étude ait établi qu’il s’agit d’un test de dépistage techniquement faisable dans un contexte de recherche, il y a plusieurs étapes à franchir, notamment affiner la liste des maladies évaluées, automatiser le processus de test et développer des logiciels et des mécanismes de rapport gonorrhée. Enfin, le test de dépistage lui-même doit être testé dans un environnement réel.

Les implications du dépistage, en particulier du dépistage génétique, doivent également être examinées dans un contexte plus large, car un certain nombre de dilemmes éthiques, juridiques et sociaux en découlent. Par exemple, bien que le test puisse indiquer la probabilité que les enfants d’un couple souffrent d’une affection particulière, cela n’indique pas nécessairement avec quelle modération ou gravité leur état pourrait les affecter.

Certains pays offrent un dépistage avant la conception aux populations à haut risque, mais seulement pour des maladies spécifiques telles que la maladie de Tay-Sachs chez les personnes d’ascendance ashkénaze. Une autre considération clé serait de savoir si ce type de test de dépistage serait offert à tous ceux qui considèrent une famille ou seulement à des couples sélectionnés.